VIE 结构历来存在较大的争议，有观点认为，VIE 结构违反了中国外商投资产业政策，实现了境外投资者对限制与禁止外商投资行业的曲线进入，按照《合同法》的规定，VIE 合同因此属于以合法形式掩盖非法目的的无效合同。
而在实践中，则确实出现过 VIE 合同的当事人以此为理由主张 VIE 合同无效，且该主张被相关境内仲裁机构认可的情形。
因此，即便 20 年来并未出现过以 VIE 结构上市的公司因为 VIE 结构被判违法而出现重大经营风险的情形，采用 VIE 结构上市的公司都会将 VIE 结构合法性与稳定性作为重点披露的风险因素，而境外证券监管机关和投资者对 VIE 结构的一直采取审慎的态度。
在实践中，有部分法律专业人员认为，由于《外商投资产业指导目录》是国务院行政法规《指导外商投资方向规定》第三条所明确载明的由国家发改委和商务部制定并由国务院批准的文件，应当被视为《指导外商投资方向规定》的附件，具有行政法规的效力，并将规避《外商投资产业指导目录》的合同视为是存在“非法目的”的合同。
然而，最高人民法院认定“《外商投资产业指导目录》及《商务部实施外国投资者并购境内企业安全审查制度的规定》系部门规章，而非法律和行政法规”，因此不能作为认定合同效力的依据，这个定性应当得到重视，即最高人民法院对于行政法规采取较为狭义的解释，并未将介于明显的部门规章与明显的行政法规之间的这类规范性文件扩张解释为行政法规，这无疑对于保护合同稳定性是有利的。
最高人民法院对于 VIE 结构的最终效力认定还进一步留出了余地，即其提到的“对外资通过并购股权参与举办或者实际控制举办者实施义务教育民办学校的行为，可能存在危害教育安全及社会公共利益的问题，系教育行政主管部门的职责范围。对可能存在的外资变相进入义务教育领域，并通过控制学校举办者介入学校管理的行为，应当予以规范，并通过行政执法对违法行为予以惩戒”。这段话其实相当精妙，充满了灵活空间：
首先，VIE 结构是不是危害公共利益，是行业主管部门的事情，最高人民法院不做判断；
其次，对于 VIE 结构，是应当予以“规范”，而不是当然认定为违法，行业主管部门应当通过行政执法对“违法行为”予以惩戒，言下之意，如果行业主管部门认为 VIE 结构不违法，也无需惩戒。最后，最高人民法院也并未表态说，如果行业主管部门认为违法了，VIE 合同是否就无效。这显然是可进可退、可左可右的一段话，并未改变 VIE 结构总体仍处于灰色地带的既有格局。
VIE 架构的最大风险在于行业主管部门和司法机关。
首先，如前文所述，VIE 结构的核心是 VIE 合同，VIE 合同合法有效且可执行，VIE 架构就能够得到维持，而有权判定合同是否有效的唯一机关恰恰是司法机关（或者在当事人约定的情况下，仲裁机关），商务部门虽然是外商投资主管机关，但是法律并没有赋予商务部门判定外商投资企业所签署的合同效力的权力，因此，商务部门没有办法宣布某个 VIE 合同无效。
其次，现有的法律并未赋予商务部门在相关外商投资企业签署 VIE 合同的情况下撤销外商投资企业批准证书或外商投资企业备案（就现行备案制而言）的权力，亦没有相关的行政处罚权力，因此，商务部门即使发现外商投资企业通过签署 VIE 合同控制了禁止外商投资或限制外商投资的企业时，亦很难有法律依据对该等外商投资企业或内资企业进行处罚。
**能够对 VIE 架构构成威胁的，还是相关行业主管机关。**行业主管机关拥有行政许可权，如果行业主管机关认为存在 VIE 架构会构成相关行政许可发放或年检通过的硬伤，那么即便 VIE 合同各方都对 VIE 合同的约束力表示认可，但是有可能 VIE 合同的根本，即相关行政许可有可能会因无法通过年检或获得换发而不复存在，VIE 架构也就会相应的没有意义。因此，VIE 架构的真正风险，首先来自于行业主管部门的态度。这也是为什么所有采用 VIE 架构上市的企业，都要明确的披露相关风险因素的原因。
VIE 结构的另一大不确定性来自司法机关。
中国并非判例法国家，最高人民法院的判决仅对个案有约束力，此外对于其自身及下级法院来说仅具有参考或者示范的意义，并没有约束力。**最高法院自身及下级法院亦很有可能在具体个案中否定 VIE 结构。**更何况，如前文所说，安博教育案并未触及 VIE 结构本身，最高法院仅仅是明确带有 VIE 结构的内资公司收购禁止外商投资的公司的合同有效，并未明确 VIE 合同本身的合法有效性，未来仍然有可能会有法院作出不一样的判决。
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