【乱侃】使用 markdown 软件 +zotero 进行学术写作的一些经验

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　　【乱侃】使用 markdown 软件 +zotero 进行学术写作的一些经验

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　　最近尝试了 obsidian 在学术写作中的实践，结合以前的一些笔记和经验，稍微总结了一下，语句比较随意，但是有很多链接，详细的可以跳转过去参考。

　　发这个帖子的重要目的：

1. 和践行 markdown+zotero 学术写作的友友交流经验；
2. 希望大佬们出手，为思源笔记写几个插件，便于使用思源笔记进行学术写作，感谢；
3. 为准备写思源笔记学术插件的大佬提供灵感；

　　思源笔记官方提出过对学术支持的一个计划，但是一直被搁置了，而最近思源笔记的插件机制推出来了，是不是插件可以接手这些事情？ 支持导入 CSL-JSON 进行文献引用 · Issue #2152 · siyuan-note/siyuan

插入 zotero 文献条目到平文本中（markdown、思源笔记、txt 等）-以 obsidian 为例

　　各种方案都是插入 citation key（类似“[@wang2023]”这样的字符），然后进行后续操作，都需要依赖 zotero 的 BBT 插件，插入 citation key 的方式各种各样，可以分为三种方法。

　　在 obsidian 中，段与段之间需要有空行，否则导出为 Word 时会合并为一段

　　使用 [使用 Obsidian 写学术论文 | 文章发了吗？标书写了吗？_哔哩哔哩_bilibili] https://www.bilibili.com/video/BV1iS4y147cz ，搭建 markdown 转 Word

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方法 1：调出 zotero 自身界面，获得 citation key

　　Zotero 插件（Better BibTex for Zotero）+ OB 插件 Zotero Integration

　　这种方法类似在 Word 中插入文献，直接唤醒 zotero 的对话框，搜索或者选择文献，然后插入[@wang2023]这样的 citation key

　　mgmeyers/obsidian-zotero-integration: Insert and import citations, bibliographies, notes, and PDF annotations from Zotero into Obsidian.

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　　方法一引申：设置中有一个关于 pdfannots2json 的设置，暂时没有搞明白怎么从 PDF 中提取注释，不过好像可以把 zotero 中的笔记导入到 obsidian 中

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【强烈推荐】方法 2：直接连接 zotero.sqlite 库

　　这种方法很赞，插入 citation key 的操作、界面和方法 3 基本一样，用起来也很流畅。

　　不会有方法 1 中调取 zotero 界面的缓慢（zotero 弹窗可能会比较慢），也不会有方法 3 中的“路程长”、容易出问题的缺点，但是可能存在同时操作（zotero、obsidian 插件）zotero.sqlite 文件带来一些风险，但是只要合理设置配置，应该没有问题，并且这种方案也可以在 obsidian 中查看或导入 zotero 的笔记到 obsidian 中。

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　　Zotero Plugin

　　aidenlx/obsidian-zotero: Obsidian.md integrates with Zotero, create literature notes and insert citations from a Zotero library.

　　Overview | Obsidian Zotero

　　Obsidian Plugin Setup | Obsidian Zotero

　　[Zotero 和 Obsidian 联用新插件，设置操作最简单：Obsidian Zotero，再也不担心看不懂了！Zotero 数据路径【首选项>高级>文件夹>路径】_哔哩哔哩_bilibili] https://www.bilibili.com/video/BV16G4y1Z7J3/

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　　Features

• ⚡️ Performance

  • Read data **directly **from Zotero database, no need to export data in text-based format
  • Fast fuzzy-search for literatures right within Obsidian

• 🔓 Full access to Zotero data

  • All data are available in Obsidian, including annotations, notes, tags, and attachments.
  • Not restricted by Zotero API or Better BibTex.

• 🔨 Highly customizable templates

  • Write your own templates to generate literature note and import annotation in any format you want.
  • Powered by Eta, write JavaScript code in your templates to handle complex transformations.
  • View all data in a literature in a structured way by using DetailsView.

• 🔍 Annotation View

  • View annotaions within Obsidian, side-by-side with the literature note.
  • Drag annotation to the literature note to import it.
  • Always up-to-date, auto-sync whenever you changes the annotation in Zotero.

• 📝 Annotation import

  • Import image and text annotation from Zotero to Obsidian.
  • Keep your annotation up-to-date with Zotero.

• ✍️ Create literature notes with ease

  • Quick switcher to create literature note and insert citekey from any literatures in your Zotero library.
  • Open literature note in Obsidian from Zotero item page.

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　　[插件功能详解] https://www.bilibili.com/video/BV16G4y1Z7J3/?t=751.2

　　Zotero Plugin:Refresh Zotero Data
Zotero Plugin:Insert Markdown citation，在光标出插入文献 citation key
Zotero Plugin:Refresh Zotero Search Index
Zotero Plugin:Refresh Literature Notes Index，如果在 zotero 中重新做了笔记，执行一次这个可以手动强制重新读取 zotero.sqlite
Zotero Plugin:Open quick switcher for literature notes，搜索并选择一篇文献，然后生成一个 ob 文件，是文献表头 +zotero 中的笔记
Zotero Plugin:Open Zotero Annotation View in Side Panel，荧光笔的窗口，这种窗口类似于一些软件在 Word 中集成 zotero 笔记（文献管理软件 Citavi 好像也有这个功能），相当于直接读取 zotero.sqlite 中的笔记并显示
Zotero Plugin:Open Literature Note Fields in Side Panel

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　　显示的笔记来源有三种（点击锁链图标进行切换）：

　　Follow Active Literature in Zotero Reader：在 Side Panel 中显示 zotero reader 中当前正在阅读的文献（激活那一篇）的笔记（这个没成功，zotero 绿色版导致的？）
Follow Active Literature Note：在 Side Panel 中显示在 ob 中打开的“文献表头 +zotero 中的笔记”这篇文献的笔记
Link with Selected Literature：在弹窗中搜索、选择一篇文献，然后在 Side Panel 中显示这篇文献的笔记

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方法 3：zotero 中导出一个“Better CSL JSON 格式”文件，并保持更新

　　这种方法是在方法 2 的中多了一个二传手，“路程更长”，容易有问题、失败，比如我的 zotero 文献库条目太多，导致导出失败（不知道是不是这个原因，使用时，报错“试图导出所选文件出错。”，根据这个 Zotero Better BibTex 导出分类时出错 - 知乎 也没解决，可能文献条目太多（？），暂时先放着吧。）。

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　　Zotero 插件（Better BibTex for Zotero）+ OB 插件 Citation

　　zotero 先导出文献库到一个文件（选择需要导出的参考文献，File -> Export library， 选择 Better CSL JSON 格式，选择"Keep updated"），然后在插入文献时，有一个搜索框，选中文献之后，也是插入[@wang2023]这样的 citation key

　　hans_obsidian-citation-plugin_ Obsidian plugin which integrates your academic reference manager with the Obsidian editor. Search your references from within Obsidian and automatically create and reference literature notes for papers and book

　　这种在一个地方只能快捷插入一篇文献，同时插入多篇的话，还需要手动调整

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　　思源笔记官方也曾有计划支持这种方案，但是一直没有进度 支持导入 CSL-JSON 进行文献引用 · Issue #2152 · siyuan-note/siyuan

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方法 4：使用 quicker 动作或者手动复制粘贴、敲键盘输入 citation key

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【ing】拉 obsidian 插件作者来写思源笔记插件

　　毫无疑问，想要壮大思源生态，得靠广大网友出力写插件，obsidian 那边先手优势，已经遥遥领先，希望思源笔记能后来居上。如果思源生态里面有群友对写这个插件有兴趣，也可以来搞一下啊，我强烈推荐“方法 2：直接连接 zotero.sqlite 库”，期待。

　　develop a similar plug-in for Siyuan Notes · Issue #146 · aidenlx/obsidian-zotero

　　develop a similar plug-in for Siyuan Notes · Issue #228 · mgmeyers/obsidian-zotero-integration

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导出 markdown 学术笔记为 Word（带文献引用）（obsidian markdown 导出为 Word）

　　目的：导出为论文引用 Word、md 通过 pandoc 转为 word（保持 zotero 引用）

　　思源笔记在这一块也是有点差强人意，之前某几个版本思源笔记有幸和 D 大沟通过，但是最后还是无疾而终，草草了事。现在思源笔记虽然可以使用 pandoc 导出笔记为 Word，但是仅仅使用了 Pandoc 的部分功能。

　　obsidian 中的 obsidian-pandoc 插件可谓是集大成者，可以使用 Word 模板、使用.lua（脚本）转换笔记中对 zotero 条目的引用（对科研工作者很友好）

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　　带 zotero 参考文献转换为 Word

1. .lua 文件 （BBT 插件作者写的脚本，可能需要跟随 BBT 而配套更新，export fail 问题解决方法 到这个网站下载 Pandoc filter ：https://retorque.re/zotero-better-bibtex/exporting/zotero.lua 放在 download 就可以 （文件夹简单）复制该路径即可）
2. Word 模板

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　　OliverBalfour/obsidian-pandoc: Pandoc document export plugin for Obsidian (https://obsidian.md)

　　Export files from HTML or markdown? Export from markdown,or from the HTML visible in Obsidian?HTML supports fancy plugin features, **markdown supports Pandoc features like citations. 所以选择 markdown 格式，否则无法使用 zotero.lua。**由于以下经验，推荐使用第三种插入图片的方法。

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　　"目前 ob 中 pandoc 插件导出 word 格式并包含本地图片，只有以上这几种方式可以正确识别并导出。 下面用表格更清楚展示："@HTTP；

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　　[extra pandoc arguments 参数设置] https://www.bilibili.com/video/BV1iS4y147cz?t=1315.1

-s --resource-path="Z:\softwaredatabase\Obsidian\" --lua-filter=Z:\tools\pandoc\zotero.lua --reference-doc=Z:\tools\pandoc\模板-英文.docx

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　　高级用法：

　　组合多个文件为一个，Combining Documents · OliverBalfour/obsidian-pandoc Wiki

　　Citations (work in progress) · OliverBalfour/obsidian-pandoc Wiki )，--metadata bibliography=/path/to/report.bib，--citeproc

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悬浮在引用上时，弹窗可以显示文献条目信息

　　我在 obsidian 中做成了一半，当悬浮在[@wang2023]这样的子串上时，会有一个悬浮窗，但是弹出信息没有，可能配置不到位。

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todo 在思源笔记中高亮参考文献

　　希望将文档中这样的字符高亮，比如字体使用蓝色加粗，对思源主题、css、js 比较熟悉的友友不知道能不能通过代码片段来实现。

匹配“[]”里面的内容，正则表达式：

\[.*@.+.*\]

[@wang1995]报道了

[@wang1995; @zhao1995] 认为

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obsidian 中和 Pandoc 有关的

　　mgmeyers/obsidian-pandoc-reference-list: Display a formatted reference in Obsidian's sidebar for each pandoc citekey in the active document.，在 obsidian 的小窗口中显示引用的文献。

　　这个需要一个 Bibliography File（文献库清单？）

　　如果不显示这个插件的窗口，那么在 obsidian 中 Ctrl+P，输入“Pandoc Reference List:Open view”，点击即可

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参考＆其它

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1. obsidian-enhancing-export/README_zh-CN.md at main · mokeyish/obsidian-enhancing-export · GitHub
2. 使用 Markdown 搭配 Pandoc 撰写学术论文的详细指南 - 知乎
3. deanishe/zothero: Rapidly search and cite Zotero entries from Alfred
4. egh/zotxt: zotxt: a Zotero extension for text
5. egh/zotxt-emacs
6. 整合 zotero, pandoc 进行文献引用_pandoc 参考文献_机房看门人的博客-CSDN 博客
7. 使用 Zotero 在 Markdown 中优雅地处理参考文献 |Zotero|Markdown_新浪新闻
8. 使用 Zotero 在 Markdown 中优雅地处理参考文献 | 思考问题的熊
9. "Better BibTeX 的作者写了一个 lua 脚本 zotero.lua，用来实现从 Markdown 到 Word 实时引用的格式转换。我们可以在 Markdown 文本中写入相关元数据，或者在 pandoc 命令行中进行相关参数设置。"@HTTP
10. lowercasename/docdown: A menu bar app to convert Markdown into academia-ready Word documents，An Electron menu bar application which takes Markdown files, filters them through a Zotero bibliography file, a CSL file, and a reference .docx file, and exports a Word document with embedded citations and styles.
11. 导出为 .docx 时无法正常转换公式 · Issue #4062 · siyuan-note/siyuan
12. 设置 word 模板，Markdown 也能自动转换为美观规范的 Word 文档 - Achuan-2
13. 设置 word 模板，Markdown 也能自动转换为美观规范的 Word 文档 - 链滴
14. Markdown 写作，Pandoc 转换：我的纯文本学术写作流程 - 少数派
15. 使用 [使用 Obsidian 写学术论文 | 文章发了吗？标书写了吗？_哔哩哔哩_bilibili] https://www.bilibili.com/video/BV1iS4y147cz/
16. 使用 Zotero 在 Markdown 中优雅地处理参考文献 - 少数派 @HTTP，这个参考了很多
17. Cite as you Write :: Better BibTeX for Zotero zotero 的经典插件
18. Pandoc - About pandoc@HTTP 各种文档转换格式
19. Pandoc - Pandoc User’s Guide@HTTP 完整的 PandocUser‘sGuide pandoc 命令大全
20. Pandoc - Demos@HTTP 一些命令示例
21. greyovo/md2word-pandoc: 一个 markdown 转 word 工具。使用 C#编写、提供 GUI 界面设置样式(Winform)、依赖 Pandoc。@HTTP 如果不考虑和 zotero 联动，可以考虑使用这个工具，；
22. greyovo/markdocx: 将 markdown 文件转换为 Word（.docx）/ Convert Markdown to Word (.docx).
23. Markdown 到 docx，包括复杂模板 | 码农家园 @HTTP
24. 在 Pandoc 中对 docx 文件使用模板的技巧 | M-x Chris-An-Emacser@HTTP
25. Pandoc 实用教程 – Devin@HTTP
26. 使用 pandoc 将 markdown 转换成 word 文档 | 一堆文章 @HTTP
27. lowercasename/docdown: A menu bar app to convert Markdown into academia-ready Word documents@HTTP
28. Zotero Style Repository@HTTP 参考文献格式，很全很全

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