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思源笔记与 Zotero 联动经验与教程

Zotero 与思源笔记简介

Zotero 是一个强大且专业的文献管理软件。科研工作离不开文献阅读和管理，当你有一个想法时，几乎 100% 已经有其他人想到了，关键是如何找到相关的文献，并将其中的信息有效的组织利用起来。早期使用 Endnotes 管理文献，但是其文献管理方式单一，只能用类似两级文件夹的方式管理文献，如果多个项目的文献放在一个文献库中就会显得十分杂乱，查找之前项目的文献很不方便；此外，其没有自带的笔记系统，只能记一些简单的文字笔记。

相比之下，Zotero 拥有多级文件夹的文献归档方式，可以实现用一个文献库有序的管理所有项目的文献。再结合文献标签系统，可以快速的定位想找的文献。此外，Zotero 支持插件系统，可玩性很高，很多问题都可以用插件解决。最后，Zotero 自带强大的笔记系统，支持 Markdown 所见即所得。结合 Zotero Better Notes 插件，有人甚至将其同时作为主力的笔记管理软件。当然，我不支持这样做，毕竟术业有专攻，Zotero 的笔记系统在文献管理软件中是非常强大了，但与专业的笔记软件相比，无论在功能和颜值方面都还有巨大的差距。

image.png

思源笔记是一个设计理念先进的笔记软件，支持文件树、双链、数据库等多种便捷的笔记管理方式。这些功能目前体验下来已经非常丝滑，可作为可靠的生产力工具，而不是花里胡哨的噱头。而且思源笔记界面的颜值很高，这对我还是很重要的。当初转到思源笔记的契机就是为知笔记的 Markdown 编辑器实在太丑了，还有些奇奇怪怪的 bug，让人很抓狂。

image.png

文献笔记写在哪里？

如上所述，Zotero 也有很好的笔记系统，那文献笔记是写在 Zotero 中，还是直接记在思源笔记内呢？

我的做法是针对单一文献的素材笔记就记在 Zotero 的对应文献下。所谓素材笔记就是对文章关键信息的摘抄与提炼。这些信息与文献是一一对应的，因此笔记的位置也与文献一一对应起来，方便后续查阅。

而涉及多篇文献的分析笔记或综述笔记，则记在思源，并用多种链接的方式将思源和 Zotero 联动起来。分析笔记就是针对某一特定的、具体的问题，而作的笔记，其中可以有多篇文献做支撑，类似与卡片式写作中的一张卡片。而综述笔记则是针对一个更大的主题所写的调研报告或者综述文章。在 Zotero 的笔记系统中，由于不支持双链，文献之间的连接做的不是很好，但这一点在思源中就很容易实现。此外，思源灵活的双链系统可以轻松的实现卡片式写作，降低科研写作的难度，并提高效率。

Zotero 与思源笔记联动

一共有三种链接方法，按照配置从易到难分别介绍。最推荐小链接中的 citationkey 方法。

1. PDF 高亮部分直接复制 (无需插件)

最简单直接的链接方式，可以实现思源笔记 → Zotero 某篇文献或文献全文中的某句话的链接。缺点是需要有 PDF 的全文。

当引用一篇文献时，不总是需要引用全部内容，一般只是需要其中提到某个观点或是某个关键信息，用这种方式的引用就可以非常具体，因此也是最推荐的链接方式。链接效果如下：

“we identified enrichment of large vessel markers (Vwf, Vcam1)”() () 大血管内皮 marker

高亮直接复制.gif

然而，不是每一篇文献都需要下载全文，那样会使整个文献库异常的臃肿不堪，不利于同步和备份。实际上，大部分文献只需要看看摘要就行了，因此还需要其他的链接方式。

2. 小链接 (Zotero 插件)

小链接的意思就是只在思源中储存文献的链接，而文献的主体部分仍存在 Zotero 中。这种引用方式很灵活，适合在写分析笔记和综述笔记的时候插入大量文献，也是我最常用的文献链接方式。这里一共介绍两种小链接的方法：1）citationkey，文献在 Zotero 中的唯一标识符；2）citationkey + Zotero 选择链接，可以直接跳转 Zotero 中对应的条目。

1）citationkey

通过 zotero-better-bibtex 插件快速复制功能获取 citationkey，快捷键："Ctrl+Shift+C"。效果如下：

\cite{kaluckaSingleCellTranscriptomeAtlas2020}

citationkey 手动链接.gif

可以看到 citationkey 中包含了一篇文献的关键信息：第一作者的姓 + 标题前三个实词 + 文献年份。通过 citationkey 可以快速在 Zotero 中检索到唯一对应的一篇文献。此外，citationkey 在 word 中插入文献时也很有用。例如可以在思源笔记中通过卡片式的方式写作，用 citationkey 标识引用文献，最终把不同卡片在 word 中组合成文，并通过 citationkey 可以轻松的插入文献。

配置方法：

  1. 下载并安装 zotero-better-bibtex 插件：Better BibTeX for Zotero (retorque.re)
  2. Zotero-编辑-首选项-导出配置页面，将条目格式设为 Better BibTeX Citation Key Quick Copy

image.png

2）Zotero 选择链接 + citationkey

需要用到 Zutilo 插件，可以快速复制 Zotero 的选择链接。思源笔记可以识别这种链接，实现思源笔记 → Zotero 某个条目的快速跳转。

乍一看好像是完美的解决方案，但要注意：**链接可能失效，一旦失效就找不到对应的文献了。**选择链接的格式类似：

所以建议将 Zotero 选择链接和 citationkey 或者人工标注的形式，保证链接失效后仍能留下文献的关键信息。

Zotero 选择链接 + 人工标注实现：类似双链中自定义锚文本

  1. Zotero 中：Ctrl+Alt+C，复制选择链接
  2. 思源笔记中：Ctrl+K，插入链接
  3. 输入文献的特征做锚文本，如

select 链接.gif

Zotero 选择链接 + citationkey：连续两次复制，再连续两次粘贴

  1. Zotero 中：先 Ctrl+Shift+C 复制 citationkey，再 Ctrl+Alt+C 复制选择链接
  2. 思源笔记中：先 Ctrl+K，插入链接。再 Win+V，调出剪贴板，将 citationkey 作为锚文本

selectcitationkey.gif

配置方法：

  1. 安装 Zutilo 插件：Release v3.10.0 · wshanks/Zutilo (github.com)
  2. 在工具-Zutilo 首选项中，将 Zotero 选择链接的快捷键设为 Ctrl+Alt+C

image.png

3. 大链接 (Zotero+ 思源插件)

配置有一些难度，需要用到 Zotero 的 debug-bridge 插件和思源笔记的文献引用插件，具体配置方法参考思源集市中文献引用插件的描述，已经很详细了。这种链接方法在思源笔记中自动创建一篇新的笔记，并将一篇文献的主要信息和笔记信息一键搬到思源笔记中。用起来还是很方便的，但也有一些缺点，比如 Zotero 中文献笔记内的图片无法正常显示，而且每次思源笔记启动的时候都要加载一次文献，比较担心拖慢思源的启动速度。因此，只有对最重要的文献，那些我做了详细素材笔记的文献，我才会用这种链接方法，具体效果如下：

(Kalucka and de Rooij et al. 2020)

大链接.gif

如何选择链接方式？

不同方法适合不同重要程度的文献，但第一次引用的时候不一定能预料到这篇文献对后续工作的重要程度。**那么如何评估重要程度呢？——实践出真知。**推荐把 citationkey 格式作为默认引用方法，在后续的使用中再不断更新链接。比如反复用 citekey 回 zotero 中找文献，就干脆把链接升级为选择链接，或者大链接的形式，方便后续一键跳转。

  • 思源笔记

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    22340 引用 • 89394 回帖 • 1 关注
  • Zotero
    12 引用 • 106 回帖 • 1 关注
1 引用
关于把文献存思源里这回事有没有可行性？ • A-Favaloro
1 操作
A-Favaloro 在 2024-07-16 09:38:28 更新了该帖
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8 回帖
思源笔记与 Zotero 联动经验与教程

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  • wendribs •
    付费者

    请问我安装了 better notes，条目下对应的文章也有全文，高亮后复制到 siyuan 仍然没有指向 zotero 的引用链接是因为什么呢？

    image.png

  • 其他回帖
  • A-Favaloro • • 1 赞同
    订阅者 作者

    用这么久 Zotero 都没有发现这个区域选择的批注功能，又学到了 😄

    不过你说的这个问题可能和思源里“文献引用”插件作者遇到的是同一问题，就是图片从 Zotero 到思源会显示不出来，暂时可能没有很好的解决办法。

    image.png

    image.png

    1 回复
  • cunningham •
    付费者

    不知道你要找的是不是这种效果：

    ExportZoteroLink.gif

    在 zotero 数据存储目录下的 /path/to/zotero/data folder/translators 目录下新建一个 ExportZoteroLink.js 文件, 粘贴下面的脚本, 然后重启 zotero. 再在 zotero > 编辑 > 设置 > 导出 > 条目格式 中选择对应 label 的格式, 例如 Export Zotero Link, 笔记格式选择 MarkDown+ 富文本, 就可以通过快捷键 Ctrl+Shift+C 将选中的条目复制为带有 zotero uri 链接的 MarkDown 格式了. 此时在思源笔记粘贴后可以直接点击链接跳转到 zotero.

    ExportZoteroLink.js：

    
{
	"translatorID": "ce141fed-5d99-4252-bdce-bd9e546a32f8",
	"label": "Export Zotero Link",
	"creator": "ciaranchen",
	"target": "md",
	"minVersion": "6.0",
	"maxVersion": "",
	"priority": 100,
	"inRepository": true,
	"translatorType": 2,
	"lastUpdated": "2024-10-30 21:26:24"
}


function doExport() {
    var item;
    var exportstring = "";
    while (item = Zotero.nextItem()) {
        // 截取item.uri的最后一部分作为key
        var key = item.uri.split('/').pop();
        var url = "";
    
        // 判断item类型
        if (item.itemType === "attachment" && item.contentType === "application/pdf") {
            // 打开pdf文件
            var url = "zotero://open-pdf/library/items/" + key;
        } else if (item.itemType === "note") {
            // 打开笔记
            var url = "zotero://note/u/" + key;
        } 
        // 我的需求是如果有PDF附件，则打开PDF附件， 否则在第一个collections中选择item
        if (!url) {
            // 判断是否存在附件
            if (item.attachments && item.attachments.length > 0) {
                // 判断是否存在pdf附件
                for (var i = 0; i < item.attachments.length; i++) {
                    if (item.attachments[i].contentType === "application/pdf") {
                        // 打开pdf文件
                        var url = "zotero://open-pdf/library/items/" + item.attachments[i].uri.split('/').pop();
                        break;
                    }
                }
            }
        }
        if (!url) {
            // 在第一个collections中选择 item
            var url = "zotero://select/library/"
            if (item.collections && item.collections.length > 0) {
                url += "collections/" + item.collections[0] + "/items/" + key;
            } else {
                url += "items/" + key;
            }
        }
        var title = (item.title) ? item.title.replace(/&/g, '&').replace(/"/g, '"') : "(no title)";
        exportstring += `[${title} - Zotero](${url})\n\n`;
    }
    Zotero.write(exportstring);
}
    3 操作
    cunningham 在 2024-11-01 21:24:57 更新了该回帖
    cunningham 在 2024-11-01 21:24:21 更新了该回帖
    cunningham 在 2024-11-01 21:22:19 更新了该回帖
  • A-Favaloro •
    订阅者 作者

    Zotero 7 听说改动非常大，所有插件都要重新开发，我还没更新。

    如果需要替代 Zutilo 快速复制的功能，可以在编辑 - better bibtex 首选项 - 快速复制中设置想要的格式。如果要代替其他快捷键就不清楚了。

    image.png

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A-Favaloro
北京
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