版本更新发现数据不能存放于同一文件夹下，于是就把“data”文件替换了另外的某空工作空间中的“data”文件。然后再用软件打开就这样了。

另，尝试仅以“data”文件夹开始创建新工作空间则索引完好，似乎问题解决了。

的确是“包含了工作空间”的问题。所以要新建个文件夹，下载安装新版本后再把数据迁移进去？

我感觉真正的问题是，思源笔记的更新方式与用户心智相悖，就我个人过往的软件使用过程中从未没有这种问题。比如体验最优雅的 Obsidian，完全没问题。