找到方法了，感谢思源 CSS 主题修改常见问题与教程这篇主题的作者。

设置--外观--代码片段

在 CSS 下添加如下，即可实现。

.protyle-task--done>.p, .protyle-task--done>.protyle-action svg{
opacity: 0.6;
text-decoration: line-through;
}

不能修改默认的文件，重新打开的时候会重置。