在 Acrobat 的“更多工具”中，有一个名为“PDF 标准”的工具（在‘保护和标准化’词条下），我将原本 PDF 文件“另存为 PDF/A”，解决了问题。

但是，虽然思源笔记可以较为流畅的浏览修改后的 PDF 文件，但是复制其中的文本还是乱码。我推测是编码的问题现在还没有解决

感谢回复！是的，这个 PDF 的格式有问题。使用 acrobat 更新格式以后问题解决！