zotero 联合 markdown 软件 - 以思源笔记为例 暨 Pandoc 转换 markdown 为 Word 文档

2021 年我做的三个比较重要的选择：

1. 思源笔记：这两年笔记软件，百花齐放（卷的不行），兜兜转转，我选择了思源笔记（之前使用 onenote，某象、蚂蚁笔记等也试过，偶尔看一下 obsidian。思源笔记是个人知识库软件，上手有难度，但是上手之后，非常丝滑顺畅，甚至相见恨晚。）
2. zotero：文献管理软件也从 noteexpress、endnote 转到了 zotero（别的文献管理软件也用过，但是还是 zotero 香啊，不是一般的香）
3. 订阅了 quicker

这种搭配以后应该不会再变了

这两年新启的笔记软件一般都是围着 markdown 转的，那么 markdown 怎么和文献管理软件 zotero 联合使用，打造完美学术生态呢？今天我就以思源笔记 +zotero 为例，分享一下我的经验

开讲之前，最重要的事：

1. 我的思源笔记推荐码：578MMHg （简记为 578 毫米汞柱）
   现在订阅(升级为会员)后，在思源笔记客户端->设置->账号->订阅推荐码，输入我的推荐码，你可以增加 500 MB 云端空间和 7 天使用时长。思源笔记订阅版和非订阅版的区别见 定价 - 思源笔记 - 本地优先的个人知识管理系统，支持 Markdown 所见即所得、块级引用和双向链接
2. quicker 免费版足够用，专业版更强（可以添加更多的动作），如果订阅，欢迎使用我的推荐码：11180-1954，可额外获得 3 个月专业版时长，quicker 专业版和免费版区别 获取专业版 - Quicker

使用我的推荐码，也是对我创作的鼓励，以后会分享更多的工具、技巧，欢迎点赞、收藏、关注，谢谢支持。

我纠结了很多天，最后还是没有录视频，如果想看视频的人多的话，我回头补录一个，祝大家新年快乐，多写笔记，哈哈哈。。。

友情提示

简单的 Pandoc 转换 markdown 为 Word 文档可以直接从“思源笔记格式化成期刊文章”这一节看

zotero 联合 markdown 软件-以思源笔记为例

就我个人理解而言，zotero 联合思源笔记主要涉及两个过程：

1. 输入- 文献笔记：PDF 摘录，添加块链接到 PDF 中，“添加 URI 链接...”。记笔记，肯定要用思源笔记软件啦，你用 ob 或者其它软件的话也可以（日后再谈怎么做摘录，立个 flag）

2. 输出 - 写文章：插入参考文献，以期刊的形式格式化论文（Word+ 参考文献）。写论文通常是使用 Word，但是有以下弊端

   1. 如果插入文献太多的话，每次插入新文献，或者引用做修改，都会卡一下（取决于你电脑性能），甚至崩溃
   2. 写作就应该专注于写，而不要纠结于格式、排版问题，写完了，再改格式
   3. 如果你有多篇文章或者多个 idea 的话，在思源笔记中日积月累，水到渠成不更好吗？
   4. 我记的文献笔记就在思源中，查阅、参考起来，也很方便

文献引用 + 格式化成期刊文章

下载并安装 zotero Zotero | Your personal research assistant@HTTP ，
然后安装 zotero 插件 BBT（支持插件、扩展的软件我都很喜欢） Release v5.6.11 · retorquere/zotero-better-bibtex@HTTP

文献引用 + 格式化成期刊文章方案 1（思源笔记支持）

这种方案是先在 markdown 中插入 bbt 引用，然后 pandoc 转为 Word，在 Word 中更新参考文献之后，Word 后面会汇总显示参考文献（在 Word 里面的操作类似直接使用 zotero 或者 endnote 在 Word 插入文献引用）。

思源笔记中插入文献引用

1. zotero 安装 BBT（Better BibTeX，Better BibTeX for Zotero :: Better BibTeX for Zotero@HTTP，Release v5.6.11 · retorquere/zotero-better-bibtex@HTTP） 插件，这个插件会给每一个 zotero 中的父条目生成一个唯一的字符串，这个字符串可以自定义：zotero 首选项 →Better Bibtex → citation keys → citation key format，我一般设置为 [auth:lower][year] 格式，即作者年，简单，也符合科研过程中的习惯，后期如果思源笔记能够支持快速输入一个词典的 key，那么这种引用方式就更好了

2. 敲入上一步 BBT 生成的 citation key，格式都是类似这样的：

   1. 一个知识点单篇文献[@airy1855]
   2. 一个知识点多篇文献[@airy1855; @darwin1837; @pratt1856]

3. 插入格式的深入说明，有多种插入方式

   1. 手动复制粘贴：从 zotero 中复制 Citation Key ，然后粘贴到思源笔记中

      

      复制 citation key

   2. 使用拖拽/释放功能：需要先设置 zotero，

      zotero 中 编辑 → 首选项 → 导出 → 默认格式：Better BibTeX Quick Copy:[@citekeys]，

      对应的 BBT 设置：Better BibTeX→Export→Quick-Copy→Quick-Copy format: Pandoc citation，勾选 surround Pandoc citation with brackets，（待深入了解"Eta template"《Export :: Better BibTeX for Zotero》@HTTP 怎么自定义？）

      设置好之后，就可以从 zotero 选中要参考的文献，拖拽到文本编辑器，释放即可

      

      BBT 使用 citekeys

      

      对应的 BBT 设置

   3. windows 平台可以使用 quicker 动作“Zo4MD - 动作信息 - Quicker”在思源笔记（其它 markdown 笔记软件中也可以）中插入引用的文献，比如：[@klein2007]，一个知识点，有多个参考文献时，参考"多重来源"：[@ghose1988; @ganguly1991]

      1. 思源笔记中选中之前插入的参考文献时（即选中[ ]），则是增加参考文献；
      2. 没有选中文字时，则是第一次在这个地方插入文献；
      3. 追增文献时其实也可以不选中之前添加的文献，追增之后，手动在思源笔记中按照这样的格式修改即可：[@ghose1988; @ganguly1991]；

   4. Mac 平台自行参考

      1. davepwsmith/zotpick-applescript: Leverage Better-BibTeX's citation picker in Scrivener@HTTP
      2. 用 Markdown 写论文如何关联 Zotero 添加引用？Zotpick 和 Docdown 使用简介_哔哩哔哩_bilibili@HTTP

   5. 有些时候需要修改一下格式，比如

      A minus sign (-) before the @ will suppress mention of the author in the citation. This can be useful when the author is already mentioned in the text:

      Smith says blah [-@smith04].
      

      You can also write an author-in-text citation, by omitting the square brackets:

      @smith04 says blah.
      
      @smith04 [p. 33] says blah.
      

      第一种实现了，在 Word 更新之后，显示的是 Smith says blah (2004)，比如文章里常见的：张三（2016）认为 xxxx

      第二种没有实现，姿势不对？

      详参 Extension citations - Untitled@HTTP

      "Extension: citations"《Pandoc - Pandoc User’s Guide》@HTTP；

思源笔记格式化成期刊文章

1. 从 Pandoc - Releases@HTTP 下载 pandoc.exe，将 zotero.lua （见文后资源）和 pandoc.exe 放在同一目录中，本次是 Z:\Powertools\pandoc
2. 思源笔记导出为纯 markdown 格式，放在合适目录，本次为 Z:\Powertools\pandoc\测试呀.md ；
3. cmd 切换工作目录至 pandoc.exe 所在目录，命令是 cd /d Z:\Powertools\pandoc；
4. 保持 zotero 开启，然后执行命令 pandoc Z:\Powertools\pandoc\测试呀.md -s --lua-filter=zotero.lua -o output.docx，执行成功的话会有 zotero-live-citations a266bf0e6 这样的提示语；
5. 此时在 Z:\Powertools\pandoc 目录下会有生成的文件 output.docx；
6. 打开文件 output.docx（如图.“refresh 之前的内容”所示），在末尾敲入 Reference；
7. 回车换行到文档最后一行，点击 Word 工具栏中 zotero→Refresh（第一次点击会提示你选择引文样式，以后点击就不会提示了，如果想要更改引文样式，可以点击 Document Preferences），如果有多重来源参考文献（一个知识点参考了多篇文献）此时会按照期刊格式自动排序（比如按照发表时间升序），相同作者的文献也会进行简并；
8. 鼠标定位在文档末尾，点击 Word 工具栏中 zotero→Add/Edit Bibliography，即可将引用的文献汇总在最后。

refresh 之前的内容

点击 refresh，选择引文样式

refresh 之后的内容

本期内容到此结束，后面是我觉得需要优化的、前前后后和 D 大交流的一些内容记录，花费了很多时间和精力，我相信如果学术圈用思源笔记的人多了，思源笔记的开发者 D 大会考虑再次引入 Pandoc 参数？！到时候，整个流程会更丝滑一些。

如果你喜欢这次分享的话，订阅软件的时候，欢迎使用我的订阅码，你我都有优惠，你的支持是我继续分享经验、创作文章的动力，谢谢。

官方网址奉上：

Quicker 软件 您的指尖工具箱 - Quicker 推荐码：11180-1954

思源笔记 - 本地优先的个人知识管理系统，支持 Markdown 排版、块级引用和双向链接 思源笔记推荐码：578MMHg

这次使用到的资源 20220129-zotero markdown 思源笔记.zip - 蓝奏云 https://wwm.lanzouw.com/i0bySzeavrc

如果有什么问题，也欢迎留言交流。

#todo# 需要优化的（你可以看，也可以不看）

思源笔记快速输入词典单词

如果可以将 zotero 的 citation key 作为思源笔记的“词典”文件的词，那么就可以快速输入，即快速引用文献

请教一个思源输入的问题，能不能使用类似“词典”输入：我有一系列的“单词”（N 多个，姑且是一个文本文件，一行一个词，并且是以 @ 打头），我希望输入的时候可以保证

1. 准确地是这个文件里面的词，
2. 能支持模糊输入更好

@zhang2012
@li2013
@mats2018
@he1986

思源笔记如何快速输入“词典单词” - 链滴 @HTTP

支持导入 CSL-JSON 进行文献引用 · Issue #2152 · siyuan-note/siyuan@HTTP 这个 issue 我看了，后面那个 wazili 也是我反馈的，我之前咨询过思源导出 Word 的机制、增加 pandoc 属性便于导出为 Word 时添加参数（关于导出 Word 的机制 - 链滴 @HTTP）（这个问题最后还没定，其实我觉得如果和学术文献参考联系的话，还是增加一个 .sy -> Markdown ->Pandoc 带参数转为word 的流程会比较好一些，这也是我迟迟没有发自己文献引用工作流的原因之一），这些都是为了和文献管理联合使用。

其实据我调查，markdown 文献引用有两种模式

第一种

1. markdown 中只插入一个 citation key 类似 [@wang2021e] 这样的平文本（没有代码包裹哈）形式
2. 使用 Pandoc 转换过程中，通过加命令参数，和 zotero 联合（其它软件我没有试过，不过和 markdown 软件联用的文献管理软件好像基本上都是 zotero），格式化引用（当然参数里面也可以支持 Word 模板之类的），导出 Word
3. 在 Word 中汇总、格式化文献引用，或者进一步修改
4. 但是这种方式在 markdown 文件中没有生成汇总的详细参考文献清单

第二种基本上就是下面这种视频的方案，可以直接在 markdown 编辑器文章后面生成参考文献清单，不过我没试过

如何用 markdown 写学术论文？（VScode+zotero+pandoc）_哔哩哔哩_bilibili@HTTP

如果需要的话，我可以抽空把我第一种流程录个屏给你。

最后再次咨询一下，是否考虑增加 .sy -> Markdown ->Pandoc 带参数转为word 这个流程？原因：

1. 人的惰性。虽然现在我可以通过导出为 markdown 格式，然后在 cmd 命令行中使用 Pandoc 完成转换，但是如果思源直接有 .sy -> Markdown ->Pandoc 带参数转为word 这个选项，会减少很多繁杂过程，避免中间文件的产生，省大量精力和时间；
2. 新手重现性应该也会大大提高；
3. 降低使用门槛。大多数人可能并不像我这么喜欢折腾，更多的喜欢简单易用，如果添加这个导出流程的话，也能作为思源软件的一大亮点。

谢谢回复。

Word 模板问题

一般学校毕业论文有 Word 格式要求：字体、字号等各种排版，这个如何引用到工作流中呢？

Pandoc 支持 Word 模板参数，怎么做模板？

请问导出 word 能够设置好格式吗？比如一级标题是什么字体，二级标题什么字体之类
平时直接在 word 里面写会议纪要是很方便，直接在原来调好的格式上面写，开完会直接就发出去了，但是不方便管理，所以想转到笔记软件中。现在我写报告就要打开以前写过的各种 word 文档找相关的东西，所以想要用这种双联笔记来写，但是发出的时候又需要用 WORD。所以找到这个思源笔记这类软件，想要了解一下是不是可以支持导出成想要格式的 word 文档。我了解到 obsidian 配合 pandoc 插件是可以实现的，等于把 markdown 格式转成想要格式的 word，但我感觉思源更加适配中文。

我也经常转成 word 给别人，但 typora 直接转换成 word 格式住往不符合我的要求，我是自己写了个 word 模板然后用 pando 转换的。其实也很快，而且更灵活。
其实思源可以调用 pando,并在设置中指定 pando 的参数，让用户自己配置转换的形式，这更方便，也很符合思源的极客理念。

思源笔记 pandoc-docx 属性问题 思源笔记 v1.7.1 把这个功能砍了

从最初的建议，到一直追踪更新、探索使用方法，花费了很多时间和精力

关于导出 Word 的机制 - 链滴 @HTTP

请求增加 Markdown -> Pandoc 带参转换 · Issue #3592 · siyuan-note/siyuan

下个版本内测，在文档上设置属性 pandoc-docx，值为附加参数列表，比如 --reference-doc twocolumns.docx --lua-filter=zotero.lua。

🎨 导出 Word 时支持通过属性设置 Pandoc 参数 Fix https://github.com/siyuan-note/… · siyuan-note/user-guide-zh_CN@db753ea@HTTP

pandoc Z:\xxxx.sy -o output.docx
pandoc Z:\xxxx.sy -s --lua-filter=zotero.lua -o output.docx

D 大：思源用的是 Pandoc，但是不是直接转换，而是先将文档转换为 HTML，然后再通过 Pandoc 将 HTML 转换为 Docx。目前思源导出 Word 的流程：.sy -> Markdown -> HTML -> Pandoc Word，导出 pandoc-docx 属性只在调用 HTML -> Pandoc Word 这一步会作为 pandoc 命令参数加入。

--lua-filter=zotero.lua 这个参数目前应该是无法作用于 SY 导出流程的

在大纲处或者文档标题处添加文档属性，添加新属性 pandoc-docx，值为附加参数列表 --reference-doc twocolumns.docx --lua-filter=zotero.lua

思源笔记 v1.7.1 发布，改进 PDF/HTML 导出 - 链滴 移除 Word .docx 导出 · Issue #3811 · siyuan-note/siyuan

或者看一下 --lua-filter=zotero.lua 这个参数能否用于 html 文件

或者看一下 --lua-filter=zotero.lua 这个参数能否用于 html 文件 Pandoc - Releases@HTTP

如果可以的话，zotero.lua 能否增加一个过滤 markdown 超链接的功能？这样的话，在思源笔记里面可以直接点击引用就跳转到 zotero

the input file only support plain file when I use .lua file ?@HTTP

源文件是 html 文件的

converter - pandoc convert html with style sheet to docx - Stack Overflow@HTTP

使用 zotero.lua 参数的教程

chrisgrieser/pandoc_alfred: Pandoc-Suite for Academic Writing in Markdown@HTTP

(16 条消息) 用 markdown+zotero+pandoc 完成学术论文的撰写_Brain-Machine Interface Technologies-CSDN 博客 @HTTP

Pandoc 问题反馈

zotero 导入 zotero 导出的条目.rdf

笔记内容是 20211202193901-w7yhtbe.sy

思源笔记先导出 markdown，然后 zotero 处于打开状态，cmd 命令行执行 pandoc Z:\Downloads\Untitled\Untitled.md -s --lua-filter Z:\zotero.lua -o output.docx 可以成功转化（转换过程中需要和 zotero 通讯），

转换时，如果 zotero 关闭，会报错

但是在思源笔记 v1.5.5 alpha 版中，设置属性 pandoc-docx ，属性值 -s --lua-filter Z:\zotero.lua ，导出的 Word 和不加参数导出的一样，即属性值没有起到作用

常见错误：下图错误请检查步骤 2 中是否已经将 zotero.lua 放在了和 SiYuan.exe 同一目录中

常见错误

其实如果 zotero.lua 文件没有放在和 SiYuan.exe 同一目录中，只要在第三步属性值里面吧 zotero.lua 的全路径填上即可，但是为了保证成功率，还是建议按照上面教程操作

思源笔记 v1.7.0 Pandoc 导出参数实验

--lua-filter=zotero.lua

--lua-filter C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc\zotero.lua
-s --lua-filter=C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc\zotero.lua -o Z:\Downloads\output.docx
--lua-filter=C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc\zotero.lua
--lua-filter=Z:\zotero.lua

没效果

--lua-filter=Z:\zotero.lua

命令行 成功的

Microsoft Windows [版本 10.0.19044.1415]
(c) Microsoft Corporation。保留所有权利。

C:\Users\laomao>cd /d C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc

C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc>pandoc -s --lua-filter=zotero.lua ceshi.md -f markdown -s -o untitled.docx
zotero-live-citations a266bf0e6

C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc>pandoc -s --lua-filter=Z:\zotero.lua ceshi.md -f markdown -s -o untitled.docx
zotero-live-citations a266bf0e6

C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc>pandoc -s --lua-filter=Z:\ce\zotero.lua Z:\ce\ceshi.md -f markdown -s -o untitled.docx
zotero-live-citations a266bf0e6
[WARNING] Could not fetch resource 'assets/image-20211228013033-jrr5vg0.png': PandocResourceNotFound "assets/image-20211228013033-jrr5vg0.png"

C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc>pandoc -s --lua-filter=Z:\ce\zotero.lua Z:\ce\ceshi.md -f markdown --resource-path=Z:\ce -s -o untitled.docx
zotero-live-citations a266bf0e6

C:\Users\laomao\.config\siyuan\pandoc>

文件不指明路径的话，就以 pandoc 为准

使用文档属性参数

pandoc-docx -f markdown

导出 Word 时，代码块、图片不能导出来，有序列表没有序号，其它未测试

-f markdown --resource-path=D:\SiYuan\data\assets -s --lua-filter=D:\SiYuan\data\templatefiles\zotero.lua
-f markdown --resource-path=D:\SiYuan\data\assets\ -s --lua-filter=D:\SiYuan\data\templatefiles\zotero.lua
-f markdown -s --lua-filter=D:\SiYuan\data\templatefiles\zotero.lua

上面这三个效果一样

-f markdown -s --lua-filter=D:\SiYuan\data\templatefiles\zotero.lua

-f markdown
这个属性可以反馈给D大

导出为 PDF 时 pandoc-docx 属性不起作用，正是需要的

直接导出为 docx 时，应该仍然是 .sy->html->docx

文献引用 + 格式化成期刊文章方案 2-期待思源笔记成长

支持导入 CSL-JSON 进行文献引用 · Issue #2152 · siyuan-note/siyuan@HTTP 需要回帖

如何用 markdown 写学术论文？（VScode+zotero+pandoc）_哔哩哔哩_bilibili 工作流可以参考一下

这种方案是直接在 markdown 后面汇总显示参考文献，思源笔记后期如果支持自动运行 js 的话可能也会支持，期待更新。
前面的插入文献工作流，在思源笔记中怎么优化？

参考

引用 workflow

使用 Zotero 在 Markdown 中优雅地处理参考文献 - 少数派 @HTTP ( ) 这个参考了很多

Cite as you Write :: Better BibTeX for Zotero zotero 的经典插件

如果想要和 zotero 联动，可能需要思源笔记更改导出机制，或者自己写个 quicker 动作，以便于实现快速转换
搜索：pandoc - Quicker@HTTP

creating bibliographies [Zotero Documentation]

转换 workflow

Pandoc - About pandoc@HTTP 各种文档转换格式

Pandoc - Pandoc User’s Guide@HTTP 完整的 PandocUser‘sGuide pandoc 命令大全

Pandoc - Demos@HTTP 一些命令示例

greyovo/md2word-pandoc: 一个 markdown 转 word 工具。使用 C#编写、提供 GUI 界面设置样式(Winform)、依赖 Pandoc。@HTTP 如果不考虑和 zotero 联动，可以考虑使用这个工具，；

greyovo/markdocx: 将 markdown 文件转换为 Word（.docx）/ Convert Markdown to Word (.docx).

Markdown 到 docx，包括复杂模板 | 码农家园 @HTTP

在 Pandoc 中对 docx 文件使用模板的技巧 | M-x Chris-An-Emacser@HTTP

Pandoc 实用教程 – Devin@HTTP

使用 pandoc 将 markdown 转换成 word 文档 | 一堆文章 @HTTP

使用案例 ，原版

lowercasename/docdown: A menu bar app to convert Markdown into academia-ready Word documents@HTTP
Zotero Style Repository@HTTP 参考文献格式，很全很全

未分类

rtf scan [Zotero Documentation]

"Markdown 写作，Pandoc 转换：我的纯文本学术写作流程"；；
"文献管理：使用 Zotero 进行 Rmarkdown 写作的文献自动化"；；

PhD Research && Study in Obsidian - YouTube

和 Web Clipper 联用

Using Better Bib(La)Tex - YouTube

初步实现思源笔记 +zotero 论文写作工作流 - 链滴 @HTTP

zotero 和思源笔记探索 - xuanlemming 的回帖 - 链滴

"QuickCopy items: Copy selected items to the clipboard using the "Default output format" specified in the "Export" section of Zotero's preferences."@HTTP； zotero 的 Zutilo 插件，通过设置也可以在 zotero 中选中条目，右键复制得到 citation key

Zutilo 的高级扩展使用 Quick Copy alt1 alt2_magefreehome 的博客-CSDN 博客

 RTF/ODF-Scan for Zotero 边写边引用，很实用，但是不知道怎么实现，可能需要配合特定的文字编辑软件