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不知道你是在哪个地方看到“思源笔记要取消文档树”这个观点的，这也是我第一次看到有人提出这个观点，文档树作为思源和 rr、logseq 的不同点之一，我始终认为文档树是不能取消的，包括思源特有的“靠笔记本释放性能”等功能都要靠文档树功能来支持
文档树和 MOC 都是自顶向下结构化管理笔记的方法，两者可以在不同的角度进行笔记的结构化管理
详细案例和相关讨论可以查看 思源第一次双链实践交流会讨论区 下面的回帖
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太微（TiddlyWiki）同时支持文档树和自动生成目录页
比如我的博客 https://onetwo.ren/wiki/#:Index
右侧就是一个自动根据标签生成的文档树（是一个插件，插件的逻辑是标签=文件夹），此外还有 https://onetwo.ren/wiki/#所见即所得编辑器 这个条目是用
<$list微件（可以理解为 Obsidian 的 dataview 功能）自动生成的文件目录，不过还自动把文件内容嵌入进来了。我个人的使用经验是，两种同时都在用，自动生成 MOC 适合对一个主题做统一整理，然后对外发布的时候。我会让他自动生成索引页，然后整体复制粘贴发布到知乎等平台。然后这个页面也适合做于对外分享的页面，方便读者按需查看。
而文档树适合碎片化地去整理一个主题，或者在产生新的思考的时候，有想法就添加到笔记里并加上标签，也就是放进文件夹里。然后文件树自动就出来了，之后要整理的时候就直接看这个自动生成的文件树。
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我才是不知道你是在哪个地方看到“思源笔记要取消文档树”这个观点的。我的评论表达了我对反对文档树的反对和对极端形式的软件比如 logseq 的反对，如果你说的是并存，我觉得可行，新模式的出现肯定也有它的优势，至于优势有多大，需要时间和时间检验，至少目前我是没有信心加入的。
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典型双链笔记软件类似 roam research、logseq 都是没有文档树的，因此主要使用 MOC 的思想进行自顶向下的文件管理，而思源里面是有文档树的，因此可以有不同的方法。
但因为有很多用户是从传统笔记软件中转过来的，因此文件夹分类的思想根深蒂固，对于一些新的方法可能会难以接受，因此需要让大家跳出舒适圈，尝试一些新的方法，在视频下面我也放了一个挑战：
- 3 天的时间（最好能尝试更长时间）
- 忘记文档树、忘记标签树，当做这两个功能不存在，完全使用双链构建笔记系统
- 把所有内容都写在 daily note 中，并且 daily note 中通过列表写笔记
3 天过后，开始思考重构自己原先的笔记系统，这时候对 MOC 和文档树的理解会和之前不一样，这时候可以尝试将 MOC 和文档树进行结合使用，也希望大家能多多分享自己如何将文档树和 MOC 结合的案例，可以一起讨论，事实上，我在去年也是将 MOC 和文档树结合使用管理知识体系的，但在今年对文档树有了不一样的理解，在文档树上只进行时间层面的分类，在 MOC 上进行知识体系、时间管理等层面的分类。
关于图谱，我自己的研究方向和知识图谱有一定关系，知识图谱领域主要研究内容有两个：① 构建知识图谱，这是起点，后续应用的基础；② 将知识图谱和其他技术结合进行应用，例如利用知识图谱增强预训练语言模型，利用知识图谱增强推荐系统，利用知识图谱增强机器翻译，知识图谱本身是没有明显的应用价值的，需要和其他技术结合。
而在双链软件中，很多人将重心放在了知识图谱的构建上，而且将知识图谱的构建当成了终点，而事实上，这只是起点而已，真正有价值的是如何让构建出来的知识图谱能赋能知识管理，这个难度非常大，我目前唯一看到的类似应用就是学术图谱在文献挖掘等领域的应用，但它是以文献、学者、出版地点等实体作为节点，这相对来说还是比较粗粒度，而笔记内容是非常细粒度的，我目前还没看到将知识图谱和细粒度笔记管理结合的算法或应用。
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